Lopšelyje–darželyje „Varpelis“ ugdymas organizuojamas vadovaujantis steigėjo patvirtinta ikimokyklinio ugdymo programa. Papildomai naudojamos Švietimo ir mokslo ministerijos patvirtintos ir rekomenduojamos programos:

1. „Ankstyvojo ugdymo vadovas“ skirtas 1,5 – 3 metų vaikams.
2. Ikimokyklinio ugdymo programa - 1 – 6 metų vaikams.
3. Bendrosios programos ir išsilavinimo standartai (Priešmokyklinis ugdymas) ir „Bendroji priešmokyklinio ugdymo programa“ skirta (5) 6 – 7 metų vaikams. Priešmokyklinis ugdymas orientuotas į šiam amžiaus tarpsniui svarbias kompetencijas, vaiko parengimą mokyklai, mokymąsi per žaidimus ir veiklą. Visas taikomas programas praturtina integruojamos individualios etninio, meninio ir sveikos gyvensenos ugdymo programos. Ugdymo procese tai pat taikome „Geros pradžios“ pedagoginės sistemos elementus, kuriame savas tradicijas. Lopšelis–darželis 2001 m. įtrauktas į Lietuvos Sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą ir dalyvauja „Sveikų darželų“ projekte, o dauguma pedagogių yra „Sveikatos žemenėlių“ asociacijos narės.

Sveikos gyvensenos ugdymo programa „Sveikatos vėrinėlis“ – tai fizinės, dvasinės, socialinės, emocinės sveikatos ir fizinio ugdymo programa. Programos turinys natūraliai integruojamas į kitas, glaudžiai tarpusavyje susietas veiklos rūšis: fizinę, darbinę, kalbinę, muzikinę, meninę, etninę, teatrinę, pažintinę ir kt. Tam yra parengtos ir kitos individualios ugdymo programos: meninio ir etninio ugdymo programos.

Keletą metų lopšelio-darželio priešmokyklinio amžiaus vaikai dalyvauja „Wrigley“ burnos sveikatos programoje „Dantukas ir draugai“ ir tarptautinėje programoje „Zipio draugai“.